Die Geschichte von "Narben von Mirrodin" spielt auf der gleichnamigen Welt "Mirrodin". Mirrodin ist eine künstliche Welt, daher gibt es in dieser Edition eine sehr hohe Anzahl von Artefakten und assoziierten Karten ist höher als in anderen Erweiterungen und spiegelt die Themen wider, welche bereits in früheren Erweiterungen behandelt wurden.
Die Erweiterung erzählt vom Konflikt zwischen zwei großen Fraktionen: Mirrodin auf der einen Seite, auf der anderen die einfallenden Streitkräfte aus Phyrexia. Karten, die einer dieser beiden Fraktionen angehören, sind mit einem speziellen Wasserzeichen versehen. Auch die Fähigkeiten dieser beiden Fraktionen sind unterschiedlich: Die Phyrexianer kämpfen vor allem mit Gift, Infizieren und Wuchern, während die Einwohner von Mirrodin Mechaniken verwenden, welche bereits im ersten Mirrodin-Set vorhanden waren: Imprint, Unzerstörbar, Ladungsmarken und die neue Metallkunst-Mechanik, wie auch die Mana Myrs und Spruchbomben.
Natürlich spielen auch die Weltenwanderer, die Planeswalker, eine große Rolle. Elspeth Tirel ist zurück und ein neuer Planeswalker namens Koth tritt auf, welcher aus Vulshok's Dynastie stammt und somit ein gebürtiger Mirrodianer ist. Venser und Tezzeret erhalten ebenfalls einen Auftritt. Da die Geschichte auf Mirrodin spielt, treten auch bekannte Kreaturentypen wieder auf: Leonin, Vampire, Loxodon, Elfen oder die menschlichen Stämme Vulshok, Auriok und Neurok. Selbstverständlich kommen auch altbekannte Artefaktkreaturen wie Golems oder Myrs nicht zu kurz.